โรงเรียนบ้านขอนแป้นสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานกระทรวงศึกษาธิการ ก่อตั้งเมื่อวันที่ ๑๙ กันยายน ๒๔๘๓ ณ บ้านขอนแป้นตำบลคอแลน อำเภอบุณฑริก จังหวัดอุบลราชธานี  โดยมีนายเดช  เบ้าทอง   เป็นครูใหญ่คนแรก  ในศาลาวัดบ้านขอนแป้นเป็นสถานที่เรียนชั่วคราว  ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๘ พฤษภาคม ๒๔๙๔ ได้ย้ายจากศาลาวัดบ้านขอนแป้น มาอยู่สถานที่ตั้งโรงเรียนในปัจจุบันโดยนายศิลปะชัย พรานไพร ได้บริจาคเงินซื้อที่ดินให้กับโรงเรียนจำนวนเงิน ๑๐๐ บาท โดยทางโรงเรียนได้ขอความร่วมมือจากผู้ใหญ่บ้านราษฎรและคณะครูปลูกสร้างอาคารเรียนเป็นโรงยาวทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔

                พ.ศ.  ๒๕๑๙  นายคงฤทธิ์   คณารัตน์  ครูใหญ่ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่  อำเภอธวัชบุรี  จังหวัดร้อยเอ็ด  นายไพรัช   ศิวิจารย์  ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทน

                พ.ศ.  ๒๕๒๒  เปิดทำการเรียนการสอนถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่  ๖  ตามหลักสูตรประถมศึกษา  พ.ศ.  ๒๕๒๑

                พ.ศ.  ๒๕๒๘ เปิดทำการเรียนการสอนระดับก่อนประถมศึกษาชั้นเด็กเล็ก

                พ.ศ.  ๒๕๒๘  นายไพรัช       ศิวิจารย์    ย้ายไปดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่โรงเรียนบ้านป่าสน  และมีคำสั่งแต่งตั้งนายหุ่ง   พรหมวงศ์  มาดำรงตำแหน่งแทน

                วันที่  ๓o  กันยายน  ๒๕๓๒  นายหุ่ง   พรหมวงศ์  เกษียณอายุราชการ

                วันที่  ๑  กุมภาพันธ์  ๒๕๓๓  นายวาที      สืบเหล่า  ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่และได้รับการเลื่อนและแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่  เมื่อวันที่  ๑๖  ธันวาคม  ๒๕๓๔

                พ.ศ.  ๒๕๓๕  นายวาที    สืบเหล่า    ย้ายไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่  โรงเรียนบ้านแก้งสมบูรณ์  ทางราชการแต่งตั้ง  นายสันติพงศ์   โนนจันทร์   มาดำรงตำแหน่งแทนเมื่อวันที่  ๑  ธันวาคม  ๒๕๓๕

                เมื่อวันที่  ๑๖  พฤศจิกายน  ๒๕๓๗   สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ  ได้เสด็จพระราชดำเนินมาเยี่ยมราษฎร  ณ  โรงเรียนแห่งนี้

                ปีการศึกษา  ๒๕๓๘   ไดรับอนุมัติให้เปิดขยายชั้นเรียนระดับก่อนประถมศึกษาอีก  ๑  ห้องเรียน  หลักสูตรอนุบาล  ๒  ปี

                วันที่  ๕  มกราคม  ๒๕๓๙  นายสันติพงศ์  โนนจันทร์  ย้ายไปดำรงตำแหน่ง  อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านโนนหมากเดือย

                วันที่  ๑๐  มกราคม  ๒๕๓๙  ทางราชการแต่งตั้ง  นายณรงค์     ทุมแถว  มาดำรงตำแหน่งแทน

                ปีการศึกษา  ๒๕๔๐    ได้รับอนุมัติให้เปิดขยายชั้นเรียนในระดับก่อนประถมศึกษา    หลักสูตรอนุบาล  ๓  ขวบ  อีก  ๑  ห้องเรียน  และถูกยกเลิกในปี  ๒๕๔๑  เนื่องจากทางราชการไม่มีงบประมาณสนับสนุน

                วันที่  ๑๑  มกราคม   ๒๕๔๑   ได้รับอนุมัติให้เลื่อนและแต่งตั้ง    นายณรงค์     ทุมแถว  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

                ปี  พ.ศ.  ๒๕๔๒   นักศึกษาชมรมก่อสร้างอาสาจากวิทยาลัยเทคนิคมีนบุรี  กรุงเทพมหานคร ได้เดินทางมาออกค่ายอาสาพัฒนา    โดยทำการก่อสร้างอาคารโรงอาหาร  ขนาด  กว้าง  ๖  เมตร ยาว  ๑๘  เมตร  ๑  หลัง   สิ้นงบประมาณ  ๙๕,๐๐๐  บาท

                ปี  พ.ศ.  ๒๕๔๓  นักศึกษาชมรมก่อสร้างอาสาจากวิทยาลัยเทคนิคมีนบุรี  กรุงเทพมหานคร  ได้เดินทางมาออกค่ายอาสาพัฒนา โดยทำการก่อสร้างอาคารห้องสมุด    ขนาด   กว้าง   ๖  เมตร  ยาว  ๙  เมตร  ๑  หลัง   สิ้นงบประมาณ  ๙๓,๐๐๐  บาท

                ปี  พ.ศ.  ๒๕๔๕  ได้รับงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ  ทำการก่อสร้างส้วม   แบบ  สปช. ๖o๑/๒๖  จำนวน  ๑  หลัง   ๒  ที่   งบประมาณ  ๔๕,๔๕๐  บาท  และได้รับจัดสรรงบประมาณปรับปรุงซ่อมแซมอาคารชำรุด  จำนวน ๖๐,๒๐๐  บาท  เพื่อตีฝ้าเพดานและเทพื้นซีเมนต์ขัดมันเรียบ  อาคารเรียนแบบองค์การบริหารส่วนจังหวัด

                ปี พ.ศ.๒๕๔๖  ได้รับงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนตำบลคอแลน จำนวน  ๑๐๐,๐๐๐ บาทปลูกสร้างอาคารเรียนขนาด  กว้าง ๖ เมตร  ยาว  ๑๘  เมตร จำนวน ๑ หลัง

                ปี พ.ศ.๒๕๔๙  ได้รับงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนตำบลคอแลน  จำนวน  ๗๐,๐๐๐  บาท ทำการก่อสร้างรั้วโรงเรียน จำนวน ๕๐,๐๐๐ บาท และจัดซื้อโต๊ะ เก้าอี้สำหรับนักเรียน จำนวน  ๒๐,๐๐๐  บาท

               ปี พ.ศ. ๒๕๕๓  ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจาก ส.ส.สุชาติ  ตันติวนิชชานนท์  จำนวน  ๓๕,๒๐๐  บาท  ทำการก่อสร้างส้วมแบบ  สพฐ. ๔

ปี พ.ศ. ๒๕๕๔  ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจาก สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุบลราชธานี  เขต  ๕  จำนวน  ๑๐๐,๐๐๐  บาท  ปรับปรุงห้องสมุดโรงเรียนบ้านขอนแป้น